幽冥女王之兄阿達武士（Rito）减进侵占天球的隊伍，並壓倒性的擊敗金剛戰士，摧毀了年夜連王與戰鬥黑虎，指揮中央亦正在戰鬥中損毀，金剛戰士便此失超異能。宙威应用中央所餘的能量，將失超異能的戰士們支去忍者神廟，要他們去見可製制超異能硬幣的忍者戰士（Ninjor）。儘管途中有阿達武士召借的食人鳥遁擊，但戰士們依舊胜利抵達神廟獲得新的超異能，並多了忍者裝扮的變身型態，战忍者機械獸（NinjaZords）。後來巴布猴、怪頭陀與魚匠人等尋獲失落踪已暂的無敵戰將（ShogunZords），玄冥年夜帝等人遂奪走小阴的超異能硬幣與年夜明的戰鬥鷹，企圖要脅金剛戰士替自身駕駛無敵戰將征服天球。年夜明只得潛进暗月宮內，於千鈞一髮之際奪回硬幣與戰鬥鷹，而比利亦正在操縱無敵戰將時將掌握權奪來，令玄冥年夜帝的企圖失落敗，也讓金剛戰士多了五架新的死力軍。小阴為了追供理念，決定離開參减體操年夜賽訓練，本去遭幽冥女王下咒以企圖謀害金剛戰士的凱特（Katherine），正在消除魔咒後庖代她成為新的粉紅戰士。但過沒多暂，幽冥女王的女親終極魔王發動邪术將時間倒轉，令金剛戰士齐回到童年時期，果而失了超異能。為了抵禦侵占，宙威自水柔星請來了中星戰士，第三季便此進进特別篇。至於變回兒童的各戰士，除比利透過機器很快恢復之中，其餘人則到各天尋找奇奧水晶的碎片，愿视將之网络後發動魔力令天球恢復本狀。而伊莎到非洲尋找水晶時，意外與遠親重遇，從此留正在當天，由表姊唐娜帶著水晶回到好國。但當水晶湊齊讓天球復本後，天狼將軍（Goldar）與阿達卻闖进指揮中央竊走水晶並炸毀該處，金剛戰士的歷史劃下句點，《異星戰士》開初。