小智一行人抵达了小光预备参加神奇宝贝华丽大赛的白杨镇，在那里他们认识了驾驶热气球的女子艾莉丝、其青梅竹马东尼欧，以及艾伯特男爵。由于艾伯特男爵认定隐居于城镇庭园中的黑暗神奇宝贝-达克莱伊是近日来破坏城镇的元凶，并准备讨伐它。然而东尼欧的想法却不同，他侦测到在白杨镇的上方有一股异常的冲击波，而那正是传说中分别掌控时间的帝牙卢卡，与空间的帕路奇犽这两大神奇宝贝在次元之夹缝中大战所造成；而达克莱伊的攻击并是为了让它们远离这座城镇。随着两大神的争斗越来越激烈，终于在白杨镇的名景“时空之塔”的上方产生了空间裂缝，两大神的争斗场所于是转移到了白杨镇。小智他们该如何阻止这场危机？而众人对达克莱伊的误解又会如何化解？激烈的时空对决即将展开！